Als Torchlight entwickelt wurde, war das Studio noch sehr kleine und mit sehr begrenzten Mitteln. Dies hat sich leider auch auf die Torchlight Geschichte ausgewirkt. Bis auf eine Stadt und einem nicht enden wollenden Dungeon gibt es nicht viel zu erfahren über die Story. Der Erfolg von Torchlight 1 führte dazu, dass eigener Vollzeit-Story-Editor für den zweiten Teil eingestellt wurde. Zudem wurden Cinematic Videos in Torchlight 2 hinzugefügt und die Welt ist deutlich größer geworden. Gleichzeitig wurde auch die Story für das geplante MMO vorbereitet.
Die Geschichte zum ersten Teil spielt sich in Torchlight ab, eine boomenden Stadt, die entstanden ist als in der Nähe ein mysteriöses Erz gefunden wurde, welches die Kraft zum verzaubern und verderben hat. Diese verführerische Kraft hat böse Folgen und dennoch wurden Personen in die nahegelegenen Gebirge und Tiefen geschickt, um im vollen Ausmaß herauszufinden was für einen Einfluss dieses Erz auf die Zivilisation hat.
Die Geschichte von Torchlight 2 knüpft an die Story vom ersten Teil an. Der Dämon Ordrak wurde am Ende des ersten Teiles in den Minen besiegt. Doch sein Herz war stark genug um den Alchemisten, einer Charakterklasse aus Torchlight 1, zu verderben. Der Alchemist ist nun auf der Seite des Bösen und hat eine außergewöhnliche Macht bekommen. Die anderen beiden Charakterklassen versuchen ihren ehemaligen Freund von der Vernichtung der Stadt Torchlight abzuhalten. Syl, die Zauberin überlebt diesen Kampf nicht. Der Zerstörer kann aus Torchlight entkommen und warnt den neuen Helden aus Torchlight 2.
Die Verfolgungsjagt auf den Alchemisten zieht sich über vier Akte hin. Im vierten Akt kommt es zum Endkampf wo der Alchemisten vernichtet wird. Die Macht des entnommenen Herzens von Ordraks wird benutzt um eine neue Bedrohung zu stoppen - die Netherim.
Während den Entwicklungsarbeiten bei Torchlight 2 wurde gleichzeitig auch die Story für das MMO geschrieben. Die Welt ist noch größer geworden und bietet noch mehr Story Inhalte.